O setor de transporte do HPB conta com 17 motoristas e uma frota de oito automóveis, entre eles, cinco ambulâncias.Funcionando 24 horas por dia, o setor consegue dar conta da demanda do HPB, do AMIR, do CMRI e do CMM.

O maior movimento é o de transporte de paciente em emergências e para o tratamento fora domicílio.