O laboratório do HPB funciona segundo às normas da Agência Nacional de Vigilância Sanitária, a ANVISA. Ele realiza a maioria dos exames nas áreas de microbiologia, hematologia, parasitologia, bioquímica, urinálise e imunologia. Mensalmente são realizados cerca de sete mil exames pelo laboratório do HPB. Contando, inclusive, com os que são executados pelo laboratório Rhesus, que é o responsável pela realização de exames de alto custo, que não são feitos pelo laboratório do HPB.